Suomen Kanttori-urkuriliiton, Suomen kirkon pappisliiton ja niiden kattojärjestön Akavan kirkolliset ammattiliitot AKI ry:n hallinto ja toiminta on nivottu yhteen edunvalvonnan mahdollisimman tehokkaaksi toteuttamiseksi. AKIn toimisto hoitaa molempien jäsenliittojensa palkka- ja palvelussuhde-edunvalvonnan sekä ulkosuhteet. Jäsenliitot vastaavat ammattiin ja koulutukseen liittyvistä asioista.
Suomen Kanttori-urkuriliiton varsinaiset jäsenet valitsevat joka neljäs vuosi 12-jäsenisen valtuuston, joka yhdessä Pappisliiton valtuuston kanssa toimii
AKIn valtuustonaSKUL:n valtuusto käyttää liiton ylintä päätösvaltaa ja mm. valitsee liiton puheenjohtajan ja hallituksen. Päätösten toimeenpanosta vastaa
hallitus, johon kuuluu puheenjohtajan lisäksi neljä varsinaista jäsentä ja kolme varajäsentä. Varajäsenistä yksi valitaan ruotsinkielisestä alaosastosta. Varsinaisista jäsenistä kolme toimii myös
AKIn hallituksen jäseninä.