Liiton paikallistoiminnassa alaosastoilla on keskeinen merkitys. Alaosastot toimivat papiston kollegiaalisuuden edistäjinä, keskustelufoorumeina, koulutustilaisuuksien järjestäjinä ja yhteistyötahona liiton eri toimielimiin. Alaosastoista osa toimii alueellisesti, osa ammatillisen, kielellisen tai muun perusteen mukaan. Alaosastot toimivat itsenäisesti, kukin omien sääntöjensä ja päätöstensä mukaisesti.
Pappisliitto tukee alaosastotoimintaa taloudellisesti ja liiton toimihenkilöt tekevät pyydettäessä vierailuja alaosastojen kokouksiin.
Pappisliiton valtuuston päätöksen mukaan vuonna 2013 alaosastotuki on 430 euroa/alaosasto/vuosi. Lisäavustusta voidaan myöntää erillisestä anomuksesta, joka osoitetaan Pappisliiton hallitukselle. Lisäavustukset pyritään käsittelemään kerran vuodessa kevään aikana.
Lisäavustusta voidaan myöntää neuvottelupäivien järjestelyihin, kotisivujen avaamiseen, edustusmatkaa tai jotakin muuta suurempaa tapahtumaa varten, enintään 570 euroa. Vapaamuotoiset anomukset osoitteella **@**.
Prästförbundet stöder underavdelningarnas verksamhet med ekonomiska medel samt gör besök hos underavdelningarna då de frågar om det.